一、防揮發損失

氨水、碳酸氫銨在常溫下會不斷分解，溫度越高，分解越快。農戶儲存化肥時，包裝一定要密封。氮素化肥、過磷酸鈣嚴禁與堿性物質（如石灰、草木灰、鈣鎂磷肥等）混合堆放，防止氮素化肥揮發損失和降低磷肥肥效。

二、防吸濕變質

大部分化肥均具有吸濕性，特別是被雨淋后，化肥養分就會隨水流失。有的化肥吸濕受潮后結塊變質、潮解，如硝酸銨吸濕就會易結塊、潮解，過磷酸鈣吸濕后易結塊。這類化肥一定要儲存在干燥、陰涼和通風處。

三、防腐蝕毒害

有些化肥含有一定的腐蝕物質或有毒物質，如過磷酸鈣含有游離酸，腐蝕性強。如果將這類肥料與種子儲存在一起，會降低種子發芽率。這類化肥不能用鐵器或木桶長期存放，更不能與種子、農機具等放在一起。

四、防與農藥混放

化肥與農藥混放，容易引起自燃爆炸，如硝酸鈉、硝酸銨等化肥，經日曬和重物撞擊會發熱，易自燃引起爆炸。乳劑類農藥含有多量的粗苯、二甲苯等易揮發易燃燒溶劑，一旦接觸火花會快速燃燒。如果將化肥與農藥存放一起，只要一方自燃，便會波及另一方。

五、防混放久存

化肥種類多且性質各異，不宜混堆、混放。儲存時，要分別按化肥的產地、種類存放。酸性和堿性肥料不能儲存在一起，防止氮素損失；磷肥不宜久儲，因為在儲存過程中，有效磷會慢慢減少;細菌肥料在儲存中，應防熱、防曬，最好裝入黑漆布口袋，以免肥料中的細菌被曬死而失去效果。